Aunque hay cierta controversia sobre dónde y cuándo se creó, suele aceptarse que tuvo su origen en Uruguay en los años 30 como consecuencia del boom que experimentó el fútbol en ese país tras ganar la primera Copa del Mundo. Como no había campos de fútbol, los niños jugaban en las calles y en terrenos de juego más pequeños. Ante esto, en el año 1930, a un profesor llamado Juan Carlos Ceriani se le ocurrió adaptar las normas del fútbol a un campo pequeño y duro. ₍₁₎ Para ello tomó reglas de otros deportes de campo pequeño como el balonmano, el baloncesto y el waterpolo. Del baloncesto tomó como reglas básicas el número de jugadores, cinco por cada equipo, y el tiempo total de juego de 40 minutos. Del balonmano tomó el tamaño de las porterías, un balón que botara poco y las medidas del campo. Finalmente, del waterpolo tomó las reglas relativas a los porteros.

Los brasileños, por su parte, se atribuyen el origen de la práctica del fútbol sala, también en el año 1930. Según ellos comenzó a jugarse de manera informal en las playas y calles de Brasil, y de una forma más reglada en la Asociación Cristiana de Mozos (ACM) de São Paulo. Adquirió gran popularidad en dicha ciudad brasileña y fue extendiéndose poco a poco por todo el país. Las primeras reglas consistían en 6 jugadores por equipo, campo de 26 metros de largo por 12 de ancho, porterías de 4 metros de ancho por 2 de alto y dos tiempos de 20 minutos (con 10 minutos de descanso entre ellos y un tiempo muerto en cada mitad para cada equipo). ₍₂₎

La primera federación de fútbol sala se creó en el año 1955 en Brasil: la Federación Paulista de Fútbol Sala. En 1965 se creó la Federación Uruguaya.